En 1966, le général de Gaulle décide de quitter le commandement intégré tout en restant dans l’Alliance.
Deux raisons principales :
- l’indépendance de la France, le général ne veut pas qu’une action non approuvée parte du territoire français. Des unités américaines sont stationnées en France.
- Les Etats- Unis ne souhaitent pas que la France se dote de l’arme nucléaire mais reste, comme la Grande-Bretagne sous contrôle US. SHAPE part à Bruxelles, les unités US quittent la France.

A partir de cette date la France participe, dans le cadre de l’Alliance à tous les plans de défense et aux exercices, coopération particulièrement poussée pour la marine et l’aviation.
Au fil des années, la France se rapproche progressivement de l’Alliance : en 91, participation au comité des plans de défense, après la fin du Pacte de Varsovie, en 93 les unités de l’Eurocorps interviennent sous commandement OTAN, à partir de 1995, le CEMA participe aux réunions du Comité Militaire.

La décision récente du Président français régularise une situation de fait, les unités françaises sont engagées dans un cadre OTAN au Kosovo et en Afghanistan. Quels postes a obtenu la France dans le dispositif OTAN ? Il y a quelques années le Président Chirac avait demandé le poste COMAFSOUTH (théâtre méditerranéen, Naples) pour prix du retour de la France, demande rejetée par M. Clinton.

Aujourd’hui, la France obtient des commandements importants :

SACT, Supreme Allied Commander Transformation, chargé de l’adaptation de l’OTAN à la situation actuelle, à Norfolk,
SACLANT, à Lisbonne, chargé de la zone atlantique, en alternance avec un italien,
un poste d’adjoint au général allemand à Brunssum, axé sur les opérations en Afghanistan.
SACEUR et AFSOUTH restent sous commandement américain.

Le reste n’est qu’une question de mise au point et d’adaptation.